بیماریهای دستگاه گوارش به همهٔ بیماری‌هایی که مربوط به دستگاه گوارش باشد گفته می‌شود. این شامل بیماریهای مری، معده، سه بخش اول، دوم و سوم دوازدهه (دئودنوم)، تهی‌روده (ژژونوم)، چم‌روده (ایلئوم)، ایلئوسکال و مجموعهٔ رودهٔ بزرگ (شامل کولون صعودی٬ عرضی و نزولی)، سیگموئید و راست‌روده (رکتوم) می‌شود.
- بیماریهای بخش فوقانی مانند ازوفاژیت، اولسر پپتیک معده و دوازدهه
- بیماریهای روده‌ها مانند سندروم رودهٔ تحریک‌پذیر و بیماریهای التهابی روده و کولیت زخمی
- بیماری غدد گوارش مانند کبد